Sebelum adanya Pondok Pesantren Assalam berdiri di tahun 1989 Beliau, KH. Nur Salam Djufri menampung anak – anak kampung yang mengaji di Masjid Al-Mahfudzi Bugul Kidul dengan kegiatan Pengajian Sorogan ala sekolah Diniyah yang beraktifitas setiap hari. Mulai pukul 13.30 hingga pukul 15.00 WIB. Kegitan itu berjalan istiqomah yang beliau lakukan setiap hari. Tak pandang lelah Beliau berusaha menularkan ilmu Al-Qur’an kepada anak – anak kampung yang mengaji di Masjid tersebut. Sehingga pada tahun 1992 ada beberapa santri yang bersedia untuk bermukim. Namun, beliau tidak memiliki pandangan tempat untuk menampung para santri itu. Dengan apa adanya KH. Nur Salam Djufri menjadikan masjid tersebut menjadi tempat pusat pembelajaran, karena kebetulan rumah beliau berada di samping masjid sehingga anak – anak yang bermukim tersebut tidur di rumah beliau. Namun, perjalanan Beliau tak pantang putus asa. Mulai dari cobaan yang melalang melintang hingga caci maki yang beliau terima dari warga sekitar, beliau tidak gentar dan putus asa untuk senantiasa menularkan ilmu Al-Qur’an yang beliau miliki. Maklum, KH. Nur Salam Djufri adalah seorang pendatang yang menjadi menantu seorang Pengusaha Kontraktor ternama di Pasuruan. Namun, meskipun beliau menjadi menantu orang ternama di Pasuruan (di kala itu) beliau tetap sederhana. Bahkan pekerjaan beliau di pagi hari menjadi penjual ikan asin di pasar.
Pondok Pesantren Assalam di tahun 1992 belum mempunyai nama “Pesantren” hanya sekedar singkatan PPTTQ. Pada tahun itu pula hanya ada beberapa santri putra yang bermukim sejumlah 3 orang. Lambat laun para santri tersebut bertambah dan mempunyai tempat yang layak berada tak jauh dari Masjid Al-Mahfudzi dengan luas bangunan 460 m2 (bekas bangunan rumah Bapak H. Aboe Bakar). Disitulah para santri menjalankan aktifitas mengaji dan menghafal Al-Qur’an. Namun, bangunan yang ditempati itu bukan Hak Milik Pribadi KH. Nur Salam Djufri. Bangunan tersebut dipinjami oleh mertua beliau yaitu Bapak H. Yasin Machfudz.
Proses belajar mengajar di Pondok Pesantren kala itu hanya menghafal Al-Qur’an dan mengaji kitab kuning (Kitab Salaf) yang dikaji oleh kyai Abdulloh dari Masangan Winongan. Beliau adalah orang yang istiqomah yang tak pandang lelah dalam 1 minggu mengajar 3 kali beliau tidak pernah absen dan telaten mengajari para santri tanpa ada sepeserpun bisyaroh yang beliau dapat, wajar di kala itu Pesantren ini tidak menarik Infaq atau pembayaran secara rutin (Gratis 100%) dan itupun berjalan hingga tahun 2007.
Berkat dorongan para guru terutama dari KH. Munif Djazuli Ploso Kediri, KH. Achmad Zama’ Syari Ketawang Malang, pada tahun 2005 KH. Nur Salam disuruh membeli sebidang tanah yang berada di wilayah Kabupaten Pasuruan. Namun pembelian sebidang tanah itu tidak ada sedikitpun terbesit dalam pemikiran beliau, Karena sifat ta’dzim yang beliau miliki kepada para guru beliau pun membeli sebidang tanah yang berlokasi di desa Parasrejo Kecamatan Pohjentrek. Dengan daya semampunya beliau rela menjual apapun yang dimilikinya.
Pada tahun 2006 Pondok Pesantren Assalam mulai ada pembangunan. Pembangunan Pondok Pesantren ini murni berasal dari kerja keras KH. Nur Salam dengan Ning Hj. Fatimatuz Zahro dan sumbangsi dari para donatur terutama para jama’ah yang pernah mengikuti bimbingan ibadah haji dan umroh yang beliau pimpin. Dengan berjalannya tahun modernisasi Pondok Pesantren Assalam berkolaborasi dengan Pendidikan formal mulai dari tingkat SD, SMP/MTs hingga SMA. Namun tetap tidak meninggalkan system pendidikan salaf ala ahli sunnah wal jamaah. Hingga saat ini pembangunan Pondok Pesantren tersebut tetap berjalan dengan harapan agar Pondok Pesantren ini barokah dan dapat mencetak santriwan – santriwati yang mampu menjawab tantangan era milenial.